Pada Mei 1995, Jemima Goldsmith berkahwin dengan pemain kriket Pakistan bernama Imran Khan. Mereka bertemu di sebuah kelab malam sebelum berkahwin. Imran Khan yang berugama Islam cuba memperkenalkan Islam kepada isterinya yang amat muda itu. Jemima sering membaca buku karya Muhammad Asad, seorang Yahudi yang memeluk agama Islam dan tinggal di Amerika Syarikat. Muhammad Asad merupakan penulis buku 'Road To Mecca'.

Selepas mereka berkahwin, Imran Khan telah menjadi pengasas dan pengerusi parti politik Pakistan Tehreek-e-Insaf (PTI). Jemima belajar bahasa Urdu dan memakai pakaian tradisional Pakistan serta turut berkempen meningkatkan tahap literasi komputer di Pakistan. Dia juga menyokong pembangunan tabung Pusat Penyelidikan dan Hospital Kanser Khanun yang diasaskan oleh Imran Khan pada 1994.

Anak lelaki mereka Sulaiman Isa lahir pada 1996 dan Kasim lahir pada 1999.

Pada 1999 , Jemima dihadapkan ke mahkamah atas tuduhan mengeksport / menyeludup beratus-ratus jubin seramik yang mempunyai nilai sejarah pada era awal Islam . Beliau segera menafikan jenayah penyeludupan itu kerana semua jubin itu dibeli di pasar tempatan. Kes itu dibatalkan selepas Jeneral Pervez Musharraf melakukan rampasan kuasa tentera. Menteri Kebudayaan dan Arkeologi menyatakan semua jubin itu bukanlah barang antik.

Jun 2004, Imran Khan mengumumkan mereka bercerai. Sebelum itu Jemima dibabitkan dan dituduh sebagai agen Yahudi yang hendak menguasai Pakistan. Jemima pernah membawa petisyen ke Mahkamah Pakistan , mendakwa Perdana Menteri Nawaz Sharif cuba menangkap dan memusnahkan suaminya Imran Khan.